PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN  GIỮA CÁC QUẦN THỂ SƠN TRA (Docynia indica (Wall.) Decne)  BẰNG CHỈ THỊ ISSR

Vũ Thị Thu Hiền; Trần Thị Liệu; Đinh Thị Phòng; Phí Hồng Hải; La Ánh Dương; Vũ Đức Toàn; Delia Catacutan; Đàm Việt Bắc

Từ khóa:

Sơn tra,, Docynia indica, đa hình AND, mối quan hệ di truyền,, ISSR

Tóm tắt

Trong nghiên cứu của chúng tôi, 30 chỉ thị ISSR đã được sử dụng để nghiên cứu đa dạng di truyền genome của 35 mẫu Sơn tra thu thập ở 7 quần thể (Mường La, Cà Mạ, Bắc Yên, Trạm Tấu, Mù Căng Chải, Bát Xát and Sìn Hồ). Kết quả chỉ ra 28/30 chỉ thị chỉ ra tính đa hình và nhân bản được 148 phân đoạn DNA, trong đó có 96 phân đoạn đa hình (chiếm 64,86%). Trung bình giá trị đa dạng gen trên một locus (Hj) và hàm lượng thông tin đa hình của các chỉ thị tương ứng là 0,133 và 0,119. Kết quả phân tích các thông số di truyền của 5 tiểu quần thể Sơn tra (trừ 2 tiểu quần thể Cò Mạ và Sìn Hồ chỉ có một cá thể duy nhất không đánh giá được một số thông số di truyền) cho thấy tính đa dạng di truyền của các tiểu quần thể Sơn tra ở Tây Bắc tương đối thấp ( Na = 1,013; Ne = 1,109; I = 0,122, He = 0,084; h = 0,075 và PPB = 21,17%) trong đó thấp nhất là tiểu quần thể Bát Xát và cao nhất là tiểu quần thể Bắc Yên. Hệ số di nhập gen (Nm) của loài Sơn tra ở mức trung bình (Nm = 0,843), thể hiện cao nhất ở hai locus UBC834 và UBC841 (Nm = 4,0) và thấp nhất ở locus ISSR6 và UBC859 (Nm = 0). Hệ số tương đồng di truyền giữa 35 mẫu Sơn tra dao động từ 0,567 (BY29 và TT45, BS63) đến 0,965 (MCC49 và MCC51). Biểu đồ hình cây thể hiện mối quan hệ di truyền giữa 35 mẫu Sơn tra phân tích với chỉ thị ISSR chia làm 2 nhánh chính có hệ số tương đồng di truyền trong khoảng 61 - 96%, các mẫu thu ở cùng một địa điểm đều nằm trong những nhánh phụ riêng biệt

Tài liệu tham khảo

1. Beigmohamadi M. and Rahmani F., 2011. Genetic variation in hawthorn (Crataegus spp.) using RAPD markers. African Journal of Biotechnology 10(37): 7131-7135.

2. Chung J.D., Lin T.P., Tan J.C., Lin M.Y., Hwang S.Y., 2004. Genetic diversity and biogeography of Cunninghamia konishii (Cupressaceae), an island species in Taiwan: a comparison with Cunninghamia lanceolata, a mainland species in China. Mol. Phylogenet. Evol. 33: 791 -801.

3. Đinh Thị Kim Chung, 2007. Ảnh hưởng của một số yếu tố tới quá trình lên men vang Táo mèo (Docynia indica). Tạp chí Khoa học và Công nghệ 45(2): 87 - 92.

4. Dinh Thi Phong, Vu Thi Thu Hien, Tran Thi Lieu, 2015. Genetic variation of Pinus dalatensis Ferre’ (Pinaceae) populations - endemic species in Vietnam revealed by ISSR markers. J. Chem. Bio. Phys.Sci. 5 (2): 415 -1425.

5. Đinh Thị Phòng, Vũ Thị Thu Hiền, Trần Thị Liễu, Nguyễn Tiến Hiệp, 2014. Đánh giá tính đa dạng di truyền quần thể tự nhiên loài Thông lá dẹt (Pinus krempfii Lecomte) ở Tây Nguyên, Việt Nam bằng chỉ SSR. Tạp chí Sinh học, 36 (2): 210-219.

6. Doyle J.J. and Doyle J.J., 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12: 13-15.

7. Fazeli Sh., Sheidai M., Farahani F., Noormohammadi Z., 2016. Looking for genetic diversit yin Iranian apple cultivars (Malus domestica Borkh.). Journal of Sciences, Islamic Republic of Iran 27 (3): 205-215.

8. Goulão L., Oliveira C. M., 2001. Molecular characterisation of cultivars of apple (Malus domestica Borkh.) using microsatellite (SSR and ISSR) markers. Euphytica 122 (1): 81 - 89.

9. Hoàng Thị Minh Tân, 2009. Nghiên cứu tách chiết một số hợp chất tự nhiên từ cây Táo mèo có tác dụng chống rối loạn trao đổi gluxit, lipid, Luận văn thạc sĩ Sinh học.

10. Jabbarzadeh Z., Khosh-khui M., Salehi H., Shahsavar A.R., Saberivand A., 2013. Assessment of Genetic Relatedness in Roses by ISSR Markers. World Applied Sciences Journal 28 (12): 2085-2090.

11. Nei M., 1973. Analysis of genetic diversity in subdivided populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 70: 3321-3323.

12. Nguyễn Đức Thành, 2014. Các kỹ thuật chỉ thị DNA trong nghiên cứu và chọn lọc thực vật. Tạp chí Sinh học 36 (3): 265-294 DOI:10.15625/0866-7160/v36n3.5974.

13. Nguyễn Hoàng Nghĩa, Nguyễn Đức Thành, Lê Thị Bích Thủy, 2010. Phân tích đa dạng di truyền loài Giổi xương (Michelia baillonii (Pierre) Fin.et Gagnep) bằng chỉ thị phân tử RAPD và cp SSR. Tạp chí Khoa học Lâm nghiệp

14. Nguyễn Thị Thanh Loan (2011). Tác dụng chống béo phì và giảm trọng lượng của dịch chiết quả Táo mèo Docynia indica (Wall.) Decne trên mô hình chuột béo phì thực nghiệm. Tạp chí Khoa học Đại học Quốc gia Hà Nội, 27: 125 - 133.

15. Peakall R. and Smouse P.E., 2006. GenAlEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Note 6: 288 -295.

16. Rajeb C., Chokri Messaoud C., Chograni H., Bejaoui A., Boulila A., Rejeb M.N., Boussaid M., 2010. Genetic diversity in Tunisian Crataegus azarolus L. var. Aronia L. populations assessed using RAPD markers. Ann. For. Sci. 67: 512 DOI:10.1051/forest/2010014.

17. Rohlf F.J., 1992. NTSYS-PC: Numerical taxonomy and multivariate analysis system version 2.0. State University of New York (Stony Brook, New York).

18. Sách đỏ Việt Nam - Phần II: Thực vật (2007). Nhà xuất bản Khoa học tự nhiên và công nghệ.

19. Tian Y., Xing C., Cao Y., Wang C., Guan F., Li R., Meng, 2015. Evaluation of genetic diversity on Prunus mira Koehne by using ISSR and RAPD markers. Biotechnology & Biotechnological Equipment 29 (6): 1053 - 1061.

20. Trần Thị Liễu, Lê Thị Quỳnh, Vũ Thị Thu Hiền, Đinh Thị Phòng, 2015. Thông số về tính đa dạng di truyền quần thể tự nhiên loài Bách xanh (Calocedrus macrolepis) ở Tây Nguyên, Việt Nam bằng chỉ thị ISSR. Tạp chí Sinh học 37 (4): 463-469.

21. Vũ Đình Duy, Bùi Thị Tuyết Xuân, Trần Vinh, Nguyễn Minh Tâm, 2010. Phân tích đa dạng và quan hệ di truyền quần thể Thủy tùng (Glyptostrobus pensilis) ở Đắk Lắk bằng chỉ thị SSR. Tạp chí Công nghệ sinh học 8 (3): 331-336.

22. Vũ Thị Hạnh Tâm, 2011. Nghiên cứu tác dụng hạ lipid và đường huyết của dịch chiết quả Táo mèo (Docynia indica (Wall.) Dene) trên mô hình chuột thực nghiệm. Luận văn tốt nghiệp, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Hà Nội.

23. Vu Thi Hue, Bui Thi Viet Ha, 2010. Study on antibacterial activity toward bacteria causing upper respiratory (Moraxella catarrhalis) of Bacillus sp TM1.2 isolated from vinegar Docynia fruit ( Docynia indica (Wall.) Decne). J. Scien anh Technol 26 (4): 537-542.

24. Vũ Thị Thu Hiền, Trần Thị Việt Thanh, Lê Anh Tuấn, Phí Hồng Hải, Đinh Thị Phòng, 2009. Phân tích mối quan hệ di truyền tập đoàn giống cây Bách xanh (Calocedrus macrolepis) bằng chỉ thị RAPD và DNA lục lạp. Hội nghị khoa học toàn quốc về sinh thái và tài nguyên sinh vật lần thứ 3: 122-128.

25. Wu Z.Y., Liu J.F., Hong W., Pan D.M., Zheng S.Q., 2011. Genetic diversity of natural and planted Glyptostrobus pensilis populations: a comparative study. Chinese Journal of Applied Ecology 22(4): 873-9.

26. Yap I. V. and Nelson R. J., 1996. Winboot: a program for performing bootstrap analysis of binary data to determine the confidence of UPGMA-based dendrograms, IRRI, Manila.

27. Yeh F.C., Yang R.C., Boyle T., 1999. POPGENE Microsoft Windows-Based Freeware for Population Genetic Analysis. Release 1.31, University of Alberta, Edmonton.