Using DNA barcodes to evaluate genetic relationship of Michelia species in Gia Lai
Keywords:
DNA barcode, Michelia,, matK,, rbcL, rpoClAbstract
The genus Michelia inlcludes some high value- multipurposes species that are
using for planting programs widely in Vietnam. Despite the diffences in
economical values between species, the taxonomy of this genus is still unclear
due to the difficulties in morphological classification. In this study, three
chloroplast gene regions matK, rbcL and rpoC1 were used to analyse the
genetic relationship of four Michelia species, which are widely planted in Gia
Lai. The genetic similarity coefficients of four species in three chloroplast gene
regions ranged from 97.8% to 99.8%. The phylogenetic analysis in all three
gene regions of the studied samples clearly separated the unedible Michelia sp.
from the other samples. There was high genetic similarity between cultivated
edible Michelia sp. and the natural edible Michelia sp., therefore, these two
samples can be identified as the same species. In comparison with other
sequences of other Michelia species in NCBI, studied species had closest
genetics relationship with M. hypolampra and M. macclurei. In summary,
combining 3 gene regions matK, rbcL and rpoC1 can analyse the phylogenetic
ability and genetic relationship of the studied Michelia samples.
References
1. Deng Y., Luo Y., He Y., Qin X., Li C., Deng X., 2020. Complete Chloroplast Genome of Michelia shiluensisand a Comparative Analysis with Four Magnoliaceae Species. Forests, 11(3):267. https://doi.org/10.3390/f11030267
2. Ha Van Huan, Hoang Minh Trang and Nguyen Van Toan, 2018. Identification of DNA Barcode Sequence and Genetic Relationship among Some Species of Magnolia Family. Asian Journal of Plant Sciences, 17: 56 - 64.
3. Trần Thị Liễu, Đinh Thị Phòng, Nguyễn Văn Hùng, 2020. Đa dạng di truyền quần thể cây trội Giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis A. Chev.) ở một số tỉnh phía Bắc Việt Nam dựa trên chỉ thị SSR. Tạp chí Khoa học Lâm nghiệp. Số 4: 50 - 61.
4. Liu, J., Yan, H.-F., Newmaster, S.G., Pei, N., Ragupathy, S. and Ge, X. J., 2015. The use of DNA barcoding as a tool for the conservation biogeography of subtropical forests in China. Diversity Distrib., 21: 18 8 - 199. https://doi.org/10.1111/ddi.12276
5. Vũ Quang Nam, Đào Ngọc Chương, 2017. Một số loài giổi ăn hạt (Michelia spp.) ở Việt Nam. Báo cáo Hội nghị Khoa học toàn quốc về Sinh thái và Tài nguyên sinh vật lần thứ 7. Hà Nội, Việt Nam: 28 3 - 288.
6. Vũ Quang Nam, Nguyễn Thị Thơ, Nguyễn Thị Hải Hà, Trần Văn Đáng, 2019. Đa dạng di truyền loài giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis) tại khu rừng thực nghiệm, Trường Đại học Lâm nghiệp dựa trên chỉ thị phân tử RAPD. Tạp chí Sinh học (Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam), tập 41, số 2: 419 - 426.
7. Nguyễn Văn Thọ, Nguyễn Hoàng Nghĩa, Lê Thị Mai Linh, 2019. Mối quan hệ di truyền của các loài thuộc chi Luồng (Dendrocalamus Nees) trên cơ sở phân tích trình tự nucleotide các vùng MatK, rbcL, psbA-trnH
(cpADN) và ITS - rADN. Tạp chí Khoa học Lâm nghiệp. Số chuyên san 2019. (2): 44 - 56.
8. Yu, H., Wu, K., Song, J., Zhu, Y., Yao, H., Luo, K., Dai, Y., Xu, S., & Lin, Y., 2014. Expedient identification of Magnoliaceae species by DNA barcoding. Plant Omics, 7(1): 47 - 53.
