Evaluation of genetic diversity of two bamboo species of Dendrocalamus from Northern Vietnam by ISSR markers
Keywords:
Dendrocalamus barbatus, Dendrocalamus sikkimensis, ISSR, genentic diversityAbstract
12 leaf samples of Dendrocalamus barbatus and Dendrocalamus
sikkimensis collected from seven provenances were genetically analyzed
by molecular markers (ISSR marker) in order to suggest suitable
measures for genetic conservation of these two species in the future.
Among ten ISSR markers used, eight of them gave polymorphic DNA
bands while the other two (ISSR4 and ISSR10) did not. The samples are
divided into two group belonging to two species of Dendrocalamus respectively with similarities, from 51% to 88%. Among six samples of D. sikkimensis collected from five provinces, one sample (M3, Phu Tho
provenance) is genetically separated far from others with asimilarities,
from 56% to 70%. Two samples collected natural forest of Ba Be
National Park (M1, M4, Bac Can provenance) formed a different group
far from the rest of samples from 22% to 29%, particularly these two
sample are distinguished together with difference of 24%. However,
sample M1 (Bac Can provenance) and sample M6 (Lai Chau provenance)
collected at a distance of few hundred kilometers are only different to be
14%. Six samples of D. barbatus collected from six provinces, sample L6
(Tho Xuan district, Thanh Hoa province) is clearly separated from others
with similarities, from 55% to 70%. Sample L4 (Cau Hai, Phu Tho
province, originating from Ngoc Lac district, Thanh Hoa province) is also
isolated Northern West region with similarities, from 55% to 77%. Other of
samples L1, L2, L3 and L5 have quite high similarities, from 71% to 88%,
particular sample L2 and L3 gave high similarity of 88%. The fact is that
some samples of D. barbatus from four provinces in Northern West region
have low genetic difference as they have same origin and differ from two
samples from or origin from Thanh Hoa province.
References
1. Doyle J. J., Doyle J. L., 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue.
Phytochemical Bulletin,19: 11 - 15.
2. Liu L., Zhao L., Gong Y., Wang M., Chen L, Yang J., Wang Y., Yu E., Wang L., 2008. DNA fingerprinting and
genetic diversity analysis of late-bolting radish culivars whith RAPD, ISSR and SRAP marker. Sci.
Hortic.,116(3):240 - 247.
3. Nei M., 1973. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 70(12):3321 - 3323
4. Tian B., Yang H.Q, Wong K.M, Liu A.Z & Ruan Z.Y, 2012. ISSR analysis shows low genetic diversity versus
high genetic differentiation for giant bamboo, Dendrocalamus giganteus (Poaceae: Bambusoideae), in China
populations. Genetic Resources and Crop Evolution ,59: 901 - 908.
5. Roxburgh W. 1798. Plants of the coast of coromandel. London: Printed by W. Bulmer and Co. for G. Nicol,
Bookseller. 1:58. Pl.: 80.
6. Wang Z., Liao L., Yuan X., Guo H., Guo A., Liu J., 2013. Genetic diversity analysis of cynodon dactylon
(bermudagrass) accessions and cultivars from different countries based on ISSR and SSR markers. Biochem.
Syst. Ecol.,46:108 - 115.
7. Yang, Y., Wang, K., Pei, S. & Hao, J., 2004. Bamboo diversity and traditional uses in Yunnan, China. Moutain
Research and Development, 24(2): 157 - 165.
8. Yang, H.Q., An, M. Y., Gu, Z.J. & Tian, B., 2012. Genetic diversity and differentiation of Dendrocalamus
membranaceus (Poaceae: Bambusoideae), a declining bamboo species in Yunnan, China, as based on InterSimple Sequence Repeat (ISSR) analysis. International Journal of Molecular Sciences, 13: 4446 - 4457.
9. Yeh F. C., Yang R. C., Boyle T. B. J., Ye Z. H., Mao J. X., 1997. POPGENE, the UserFriendly Shareware for
Population Genetic Analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada
10. Vũ Thị Thu Hiền, Đinh Thị Phòng, 2011. Ứng dụng kĩ thuật DNA vào việc đánh giá mối quan hệ di truyền tập
đoàn cây gỗ Trắc đỏ (Dalbergia cochinchinensis) ở Việt Nam đang có nguy cơ tuyệt chủng. Tạp chí Khoa học
và Công nghệ 49 (3) 57 - 64.11. Vũ Thị Hiền, Đinh Thị Phòng, Trần Thị Việt Anh (2011). So sánh hiệu quả của
hai chỉ thị ISSR và RAPD trong nghiên cứu đa dạng di truyền loài Cọ Khẹt (Dalbergia assamica). Hội nghị
Khoa học toàn quốc về sinh thái và tài nguyên sinh vật lần thứ 4, trang: 591 - 597.
11. Vũ Thị Thu Hiền, Trần Thị Việt Thanh, Nguyễn Khắc Khôi & Đinh Thị Phòng, 2012. Làm sáng tỏ tên khoa học
cho một số loài thuộc chi Tre (Bambusa Schreb.) ở Việt Nam do biến đổi hình thái trên cơ sở giải mã trình tự
gen trnL-trnF, psbA-trnH và matK. Tạp chí Khoa học và Công nghệ, tập 50, số 4: 463 - 473.
12. Vũ Thị Thu Hiền, Trần Thị Liệu, Đinh Thị Phòng, Phí Hồng Hải, La Ánh Dương, Vũ Đức Toàn, Delia
Catacutan, Đàm Việt Bắc, 2016. Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các quần thể Sơn Tra (Docynia indica
(Wall.) Decne) bằng chỉ thị ISSR. Tạp chí Khoa học Lâm nghiệp số 4, 2016: 4603 - 4614.
